迷失岛2的二周目相比一周目在流程、谜题设计和隐藏内容上均有显著差异。虽然主线框架基本一致，但新增了四个蓝色三角石板、一个红眼石板以及多个隐藏密室，这些道具的收集与使用是二周目的核心挑战。玩家需重新探索一周目已熟悉的场景，但会发现原本的线索和机关布局发生了变化，例如灯塔二层左侧的图纸内容变为三角形分布图，而工厂内新增了需要红色块激活的铁箱谜题。
二周目的关键新增场景包括悬崖下的红楼梯区域，通过此处可进入船舱获取神秘球体，并触发后续的瓢虫门谜题。神庙密室和金字塔密室的开启方式也完全不同，前者需按灯塔图纸摆放六块三角石板，后者则需解开华容道谜题并输入密码49180375。工厂铁箱的解法依赖神庙密室壁画的提示，需点亮中间及第3、5、7、8只眼睛。这些设计使得二周目虽流程较短，但解谜逻辑更复杂，对玩家的观察力和联想能力要求更高。
隐藏剧情方面，二周目通过金字塔墙壁缝隙中的感谢名单和雕像图案揭示了更深层的故事线索。玩家在最终阶段需将铁锥放入神庙密室的光线中，与出现的NPC对话获取金字塔密室的钢管长度密码4325，从而启动时空门并触发隐藏结局。漂流瓶数字和游戏内图案对应关系也提供了额外的解谜维度，这些内容均为一周目所未涉及。
二周目并非简单重复一周目内容，而是通过新增道具、重构谜题和扩展剧情线，为玩家提供了更完整的游戏世界观。完成二周目后，玩家可解锁调查员等隐藏成就，并进一步探索未解之谜。尽管部分谜题解法固定，但线索的分散性和逻辑关联性仍需要玩家保持耐心和细致观察。
